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修订后的《管理办法》共四十六条，主要修订内容涉及五个方面。

一、调整重点实验室评估周期

为进一步强化重点实验室支撑基础研究、应用基础研究的作用，引导实验室更加聚焦原始创新、关键核心技术的重大突破，按照“三评”改革精神，并与国家重点实验室评估周期相匹配，将上海市重点实验室评估周期从三年延长到五年，并据此就重点实验室主任、学术委员会主任任期进行相应调整。（第十六条、第十八条、第十九条、第三十五条、第三十六条）

二、增加企业类重点实验室序列

为更好地实施创新驱动发展战略，承接更多的国家创新基地落户上海，根据现行的国家重点实验室建设序列，新修订的管理办法中增加企业类重点实验室序列，增加制定了企业类重点实验室的功能定位（第九条）、建设条件与标准（第十条第一款、第二款）、评估办法（附则第四条）等内容，同时，进一步明确了企业类重点实验室的职责使命是科技成果转化与产学研合作（第二十七条）。

三、增加强化实验室经费管理评估

根据重点实验室经费后补助的原则，新修订的管理办法在实验室评估环节增设评估期内经费使用情况的内容，评估规则中明确评估专家组增加财务管理专家，实验室评估资料需包含评估期内的科研支出凭证等。（第三十六条、评估规则第四条、第十条、第十三条、第十六条、第十七条）。

四、进一步规范实验室运行管理

为落实市政府“一网通办”的改革要求，规范实验室日常管理，新修订的管理办法对年报制度、评估办法、评估专家回避机制、实验室退出机制都进行了更详细的说明。其中，关于重点实验室评估领域，不再于管理办法中明确，具体将依据实际情况推进评估工作（第三十五条），关于评估结果，由原来的五类调整为四类（第三十七条）。

五、试点组建实验室联盟

为进一步鼓励各类重点实验室之间开展合作，新修订的管理办法增加建立“重点实验室联盟”等内容（第二十三条）。